Die Tradition des heutigen Anthropos-Pavillons reicht bis in die Zeit der ersten Tschechoslowakischen Republik zurück. Im Rahmen der auf dem heutigen Messegelände abgehaltenen Ausstellung zeitgenössischer Kultur 1928 konnte damals dank außerordentlichen Bemühungen des vornehmen tschechischen Forschers Prof. Karl Absolon in dem Sonderpavillon "Der Mensch und sein Geschlecht" eine nie dagewesene Menge Belege aus der ältesten Periode der Menschheitsgeschichte zusammengetragen werden. Bei der Entstehung dieser Ausstellung mit dem Titel Anthropos begegnet man dem Namen des ersten Präsidenten der Tschechoslowakischen Republik, Prof. T.G. Masaryk, und des Industriellen T. Baťa. Diese Ausstellung verschwand infolge der Eregnisse des 2. Weltkrieges.

Auf ihre Tradition knüpfte in der Nachkriegszeit der Anthropologe Prof. Dr. Jan Jelínek, DrSc. an (Anthropologe von Weltruf, ehemaliger Direktor des Mährischen Landesmuseums und ICOM-Präsident). Das neue Anthropos-Pavillon wurde nach Plänen des Architekten Evžen Šteflíček im Jahre 1962 erbaut. Im Jahre 2003 wurde das Haus geschlossen und machte eine Generalsanierung durch. Nach einer Modernisierung und wesentlichen Erweiterung wurde das Pavillon der Öffentlichkeit im Jahre 2006 wieder zugänglich gemacht.