Božena Komárková se narodila jako nejmladší ze čtyř sourozenců do rodiny tišnovského stavitele Bedřicha Komárka. Po maturitě na reálném gymnáziu v Brně studovala historii, filozofii a zeměpis na Masarykově univerzitě. Roku 1935 byla ustanovena středoškolskou profesorkou na gymnáziu v Ivančicích, od září 1939 pak na reálném gymnáziu v Moravské Ostravě. Dne 10. ledna 1940 byla zatčena gestapem, 9. června 1942 odsouzena jako členka odbojové organizace Obrana národa ke 12 letům káznice. Po osvobození káznice Javor ve Slezsku se Komárková vrátila do Brna a od září 1945 začala vyučovat historii a filozofii na Státním gymnáziu Dr. J. Kudely. V září 1948 ji z ideologických důvodů přeložili
na II. střední chlapeckou školu v Brně-Husovicích, ze stejných důvodů pak byla odklizena do Státní pedagogické knihovny. V roce 1952 jí byl přiznán nejprve invalidní a poté starobní důchod.
Důležitou roli v životě Boženy Komárkové sehrálo křesťanské studentské hnutí YMCA, které poprvé poznala na konferenci v Tišnově v roce 1928. Setkala se tam s výraznými křesťansky orientovanými osobnostmi (např. s Josefem Luklem Hromádkou). Po zrušení Ymky na konci roku 1950 pokračovala v diskuzních setkáváních s mládeží a později
s disidenty ve svém bytě. Páteř jejího filozofického myšlení tvořila problematika lidských práv. Věnovala se jí ve své dizertační (Obec Platónova a Augustinova) a habilitační (Lidská práva ve filozofii XIX. století) práci i v dalších textech vydávaných převážně v samizdatu. Hybateli moravské samizdatové činnosti byli manželé Bronislava a Jiří Müllerovi, v ediční řadě Profily vydali mimo jiné svazek věnovaný životu a dílu Boženy Komárkové zahrnující její medailon, bibliografii i zásadní spisy z let 1946–1977.
Lidským právům se Komárková věnovala nejen v rovině teoretické, ale i praktické. V prosinci 1976 podepsala Prohlášení Charty 77. Tento akt ji vyvedl z uzavřeného církevního světa a obdařil sounáležitostí s širším společenstvím podobně smýšlejících lidí. Intenzivněji se zapojila do neoficiálního dění v oblasti samizdatu i pořádání bytových seminářů. Roku 1982 jí basilejská univerzita udělila čestný doktorát teologie za prosazování lidských práv nejen v teorii, ale i ve svém vlastním životě.
Fond Boženy Komárkové darovali v roce 2012 Moravskému zemskému muzeu Milena a Jan Šimsovi a Olga Hanzlová. Zahrnuje celkem 24 archivních krabic tematicky roztříděných do oddílů chronologicky řazených rukopisů, strojopisů a počítačových opisů článků. Samostatnou část tvoří dokumenty osobní povahy, fotografie a ocenění. Mezi nejcennější sbírkové předměty patří deník, který si Božena Komárková vedla během svého věznění, a magnetofonové kazety s nahrávkami diskuzí z bytových seminářů.